Borel (1951) definitely drew on an existing tradition. Besides de Saussure’s work unearthed in J.M. Selig’s answer, he could have learned « flag » from:
... die projektiven Invarianten von drei „Flaggen“ zu finden. Eine Flagge besteht aus einem Punkt, einer Geraden durch diesen Punkt, einer Ebene durch diese Gerade usw.
... Nennen wir die Figur, die aus einem Punkt $x$, einer mit $x$ inzidenten Geraden $p$ und aus einer mit $p$ inzidenten Ebene $u$ besteht, eine Flagge $\{x,p,u\}$, so erhalten wir ...
- Freudenthal (1949, p. 22):
Deuxième exemple. — Les drapeaux du $\mathrm P_3$, c’est-à-dire les triples constitués d’un point, d’une droite et d’un plan, tous les trois en position unie.